В результате министерской реформы 1802 г. приказы общественного призрения были подчинены Хозяйственному департаменту Министерства внутренних дел. Здесь утверждались сметы постройки и ремонта приказных зданий, рассматривались ежегодные отчеты о доходах и расходах приказов и их учреждений.
В первой четверти XIX в. было создано 16 новых приказов. По замыслу императрицы Екатерины II, условием эффективной деятельности приказов должно было стать сочетание в их структуре черт общественных и государственных учреждений: сословного представительства и подчинения губернской администрации. Однако в результате жесткой регламентации со стороны министерства местная инициатива была существенно ограничена, а сама система приказов становилась все более косной.
Коллегиальность в принятии решений приказами также была чисто формальной, поскольку губернатор, являясь председателем приказа, фактически единолично принимал решения.
Очередной попыткой правительства улучшить ситуацию стали создание в некоторых крупных городах попечительных советов заведений общественного призрения, членами которых были высокопоставленные лица из числа правительственной и городской администрации.
Их деятельность распространялась на узкий круг учреждений общественного призрения, результатом чего являлось их лучшее содержание, однако обеспечивалось это за счет оттока финансовых средств из учреждений, не вошедших в число опекаемых советами.
Еще одна попытка правительства помочь работе приказных лечебных заведений — создание больничных советов, в которых принимали участие представители местной гражданской и военной администрации. В круг вопросов, самостоятельно решаемых этими советами, входили преимущественно хозяйственные проблемы больниц. Однако советы также не принесли ожидаемой пользы, образовав дополнительную инстанцию, усложнявшую и замедлявшую решение хозяйственных проблем.
Таким образом, действия правительства в отношении приказов сводились к попыткам укрепить эту структуру путем создания новых должностей, попечительных и больничных советов с целью компенсировать непрофессионализм их руководства.
Деятельность приказов общественного призрения финансировалась из целого ряда источников. Определенный доход обеспечивала плата за медицинское обслуживание в больницах приказов. Лишь некоторым категориям приходящих больных (чиновникам, канцелярским служащим) здесь предоставляли бесплатную медицинскую помощь и выдачу лекарств. Лечение неимущих больных оплачивали купеческие, мещанские, крестьянские общества или помещики. Но поскольку учреждения приказов (в том числе больницы) существовали лишь в городах, сельское население крайне редко пользовалось их услугами.
Наряду с гражданским населением, в больницах приказов общественного призрения содержались служащие военного, морского, почтового, горного, таможенного ведомств, полицейские, учащиеся военных учебных заведений и пр. Среди пациентов были также арестанты, заполнявшие сибирские приказные больницы. Лечение перечисленных категорий больных оплачивалось соответствующими ведомствами.
За содержание в больницах приказов нижних чинов разных ведомств, главным образом военнослужащих, была предусмотрена дополнительная плата (3 копейки в день на человека) на медикаменты. За больных офицеров плата увеличивалась на 15% — «за улучшенное содержание».
Контингент больных, содержание которых оплачивалось военным ведомством, был особенно выгоден приказам, и нередко именно этим больным отдавалось предпочтение при приеме в лечебное заведение.